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Normalmente se usa un servidor de FTP para subir los archivos al directorio público de Apache (a menos que programes o instales algún software que permita subir archivos por HTTP). Podés instalar uno de los varios que hay en los repositorios predeterminados. Por ejemplo, para instalar vsftpd, ejecutá en una terminal con permisos de root:
Luego vas a tener que configurarlo. Tal vez esta pequeña guía en inglés te sirva. Para mas detalles, te sugiero ampliar la búsqueda en Internet.